Beim Magenbypass wird der Magen wenige Zentimeter unterhalb des Mageneingangs abgetrennt. Es verbleibt ein kleiner Restmagen, „pouch", der ca. 15 ml fasst und als Bremse für die zugeführte Nahrung dient. Auch der Dünndarm wird durchtrennt. Das eine Ende des Darmes wird an den kleinen Restmagen angeschlossen und das andere so umgeleitet, dass die Nahrung und Verdauungs-
säfte erst im mittleren Dünndarm vermengt werden und der obere, direkt an den Magen anschließende Dünndarm umgangen („engl. Bypass") wird.
Die Verdauungssäfte werden in den tieferen Darmabschnitten eingeleitet und somit kann erst hier die Verdauung durch die Aufspaltung der Nahrungsbestandteile beginnen. Die Folge ist, dass nicht alle Nahrungsbestandteile zerlegt werden können und somit nur ein Teil aufgenommen „resorbiert″ werden. Es stehen somit weniger Nahrungsbausteine dem Blut zur Verfügung. Die nicht verdaute Nahrung wird in den Dickdarm befördert.

Die Nachteile des Magenbypasses

Die Physiologie im Verdauungsablauf wird verändert. Nicht nur die Aufnahme der Kalorienträger wird vermindert, sondern auch die der Vitamine, Mineralstoffe und Spurenelemente. Insbesondere kann Vitamin B 12 nicht mehr über die normale Verdauungsleistung „resorbiert″ werden und die Gabe muss lebenslang per Injektion erfolgen. In Einzelfällen gilt das auch für die Aufnahme von Eisen. Die dauerhafte Einnahme eines Multivitaminpräparates ist täglich erforderlich. 
Bestimmte Medikamente dürfen nicht mehr oral eingenommen werden, weil sie die Darmschleimhaut schädigen können. Andere sind in ihrer Wirksamkeit herabgesetzt, z.B. Hormone.

Je nach Nahrungszusammensetzung kann es zu Nebenwirkungen, wie Blähungen, übelriechenden Fettstühlen, Durchfällen und dem sogenannten „Dumping-Syndrom” mit Kreislaufabfall und blitzartiger Darmentleerung nach dem Verzehr sehr zuckerhaltiger Speisen und Getränke kommen.

Die restriktive Wirkung des kleinen „pouch″ kann im Lauf der Zeit verloren gehen und es können dann wieder normalgroße bis große Nahrungsmengen gegessen werden.

Die Durchführung einer endoskopischen Magenspiegelung ist nicht mehr möglich, oder das Entfernen von Gallengangssteinen. 

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